Was ist eigentlich, wenn die KgaA einfach neue Aktien für Ismaik ausgibt, sich also der Anteil des e.V. an der KgaA verringert, ohne dass er dazu eigene Anteile verkauft ? Besteht diese Möglichkeit auch ?

(Ich kenne mich bei so etwas überhaupt nicht aus.)

Ich denke schon, dass diese Möglichkeit bestünde. Und über kurz oder lang ist dies wohl auch gar nicht so unwahrscheinlich: Vielleicht sagt der Ismaik bald, "eure Genussscheine könnts behalten. Ich will Aktien mit Stimmrecht."

Und dann werden sie das tun, weil sie halt von ihm abhängig sind.

Das ist nicht nur möglich, sondern grundsätzlich so.
Bei einer Kapitalerhöhung verkauft nicht der Verein seine Anteile, sondern die KGaA gibt neue Aktien aus und bekommt dafür den festgelegten Preis.
Sollen z.B. 5 mio Euro Darlehen getilgt werden, so bekommt Ismaik beispielsweise 1,25 mio Aktien(Nennwert 1 Euro) zum Ausgabekurs von 4 Euro pro Aktie.