Da sagt der SZ-Artikel aber was anderes:

Wird das Quorum nicht erfüllt, wollen die Politiker die Entscheidung selbst treffen.

http://de.wikipedia.org/wiki/B%C3%BCrgerbegehren_und_B%C3%BCrgerentscheid_in_Bayern#Ergebnis_und_Quorum

Da steht aber nirgends, dass ein nicht erreichtes Quorum wie ein Nein zu werten ist.
Wieso auch? Wenn weder die Ja- noch die Nein-Fraktion genug Leute an die Urne bekommt, dann gilt die Abstimmung halt einfach als nicht stattgefunden. Und dann kann die Politik (leider) machen was sie für richtig hält.