Wird denn nicht durch dieses ganze Konstrukt die ganze 50+1 Regel unterlaufen.

Selbstverständlich.

Es wurde aber von der DFL genehmigt. Allerdings ist die DFL mittlerweile nicht mehr für uns zuständig. Es sollte eine neue Überprüfung des Apparates durch den DFB verlangt werden!

Rein rechtlich betrachtet handelt es sich ja um eine Regelung die einseitig durch den e.V. aufgelöst werden kann. Zudem besteht das letzte Wort für den e.V. weiterhin durch das Weisungsrecht, wenn es denn sein muss. Daher ist die 50+1 Regel hier eher nicht unterwandert.

Für die Dritte Liga ist der DFB zuständig das ist richtig.
Allerdings bestehen für die Lizenzierung weitestgehend die gleichen Vorgaben wie bei der DFL.

Dass der Verein "die Regelung auflösen" oder auch einfach, dass er sein Weisungsrecht durchsetzen kann, zweifle ich an. Genau das wird doch eingeschränkt respektive behindert durch das Konstrukt bestehend aus GF-Beirat, GF-Geschäftsordnung und Koooperationsvertrag zwischen eV und KGaA.

Nein. das hat mit dem Koopvertrag nichts zu tun.
Diese GO wurde vom Beirat beschlossen und kann von diesem wieder aufgehoben werden.
Dort hat der e.V. die 50+1 Mehrheit.
Aber wie ich bereits unten erörtert habe liegt es wohl näher, dass es keine Rolle spielt, das die GO sehr wahscheinlich nur im Innenverhältnis der GmbH gilt.
Damit dann nur die Zustimmung der GmbH-Gesellschafter erforderlich wäre.
HI wäre dann aus der Nummer sowieso raus.

Auch wenn die Vorgaben gleich oder ähnlich sind: Der DFB ist eine andere (Prüf-) Instanz, die gewisse Sachverhalte ggf. anders sieht.

Das mag zutrffend sein. Dennoch sind m.E. bei nahezu identischen Vorgaben gerade bei 50+1 nur geringe Unterschiede in der Inmterpretation bei DFB und DFL.